Embora uma instalação do zero substitua o MBR , uma atualização do Windows 8 para o 8.1 não deve . Eu vasculhei a rede em busca de fatos de apoio, mas encontrei apenas este post que mais parece uma opinião (como a minha) do que qualquer outra coisa.
Em qualquer caso: Se o MBR ainda for sobrescrito por uma atualização, você ainda pode consertar o MBR do Grub2 sem muita dificuldade.