O problema é o espaço na sua tarefa. O shell é sensível a espaços em branco. Seu comando é o equivalente de:
var="" "./gen.4.bt2 ./gen.rev.1.bt2 ./gen.rev.2.bt2 ./gen.1.bt2 ./gen.3.bt2 ./gen.2.bt2" # output of find
Você precisa remover o espaço:
var="$(find . -name 'gen*.bt2')"