Acho que substituir /path/to/executable no iniciador de programas por
sh 'exec /path/to/executable'
deve fazer o truque. sh serve para representar seu shell de destino: modifique ad lib .
Estou assumindo aqui que sua conta de usuário é aquela que cria a variável PYTHONPATH . A menos que você seja root ou tenha configurado apropriadamente o acesso sudo, você não tem permissão para clonar o ambiente de outro usuário.