Não há problema em usar dois ou mais repos SVN no mesmo servidor. Se um servidor de desenvolvimento não puder hospedar mais de um SVN por vez, isso representaria um sério desperdício de armazenamento e dinheiro.
Quando você usa o SVN, sua senha não é armazenada em cache no lado do servidor, mas no seu computador. SVN é apátrida. Isso significa que, de fato, sua cópia local deve autenticar cada vez que fizer um acesso ao seu repo. Mas seu cliente pode armazenar a senha por um tempo limitado para que você não precise digitá-la manualmente a cada vez. No seu caso, parece que armazenar uma senha para um repo faz o seu cliente SVN esquecer qualquer senha anterior. Não há nada de errado nisso, mas pode ser um pouco perturbador.
Você pode configurar o modo como o SVN armazena suas senhas em ~/.subversion/config
para obter mais controle.