Você deve ter a chave de destino no chaveiro. Não tenho certeza se é necessário que a chave de destino seja válida; melhor torná-lo assim.
Você deve usar um diretório de configuração no bastão. Com este diretório vazio, importe a chave:
gpg --homedir /dir/on/stick --import /target/key.asc
Isso precisa ser feito apenas uma vez. Do seu script você faz isso:
gpg --homedir /dir/on/stick --trust-model always --recipient 0x12345678 \
--output /path/to/encrypted_file.gpg --encrypt /source/file
Você também pode criar uma assinatura para o arquivo. Mas isso tornaria a operação um pouco mais complicada.