De acordo com a página do manual, há uma opção -t para o cpuset para especificar threads ( -p só pega o PID):
-t tid Specifies a thread id as the target of the operation.
Eu não tenho um sistema FreeBSD agora para testar, então não sei se você precisa especificar -p ou se -t é bom o suficiente. Você pode tentar sem, então, e observar os resultados.