provavelmente é um remanescente de uma configuração anterior
Se você quiser garantir que não haja opções anteriores, use -option (ou seja, uma instrução de opção vazia).
Se eu definir:
setxkbmap -layout us,ru -option -option "grp:lctrl_lshift_toggle,ctrl:nocaps"
então eu posso trocar com LShift - LCtrl e RCtrl não.