1-5% é reservado para raiz e como sobrecarga para o sistema de arquivos. É normal. Isso é feito para deixar raiz de 1 a 5%, portanto, se os usuários da máquina ocuparem o disco, os processos críticos do sistema e o usuário root ainda terão um pequeno pedaço para serem usados. Como o jordanm apontou, o espaço reservado também é usado para reduzir a fragmentação do sistema de arquivos.
Você pode usar tune2fs -m 1.0 /dev/sda2
para diminuir o padrão de 5% para 1%. Por favor, note que não é recomendado usar -m 0
, mas ainda pode ser feito.