Opa, não quis dizer que isso seja uma "resposta à sua própria pergunta", mas acabou de descobrir como isso funciona.
a tecla fn do Mac, necessária para acessar as teclas de função mesmo no Linux, mapeia fn+left e fn+right chaves para home e end para você - no Mac OS isso incomoda " rolar para a parte superior / inferior "coisa, mas no Linux eles funcionam como um normal home / end chaves.
problema resolvido!
ATUALIZAÇÃO:
Mudar entre os dois "modos" de entrada estava me enlouquecendo (lembre-se, fn+arrows não funciona no OS X), então eu trabalhei como obter left cmd+arrows trabalhando em ambos os sistemas operacionais (funciona por padrão no OS X - onde ctrl+a/e realmente faz coisas estranhas em entradas de múltiplas linhas como caixas stackoverflow ...).
É uma entrada ~/.Xmodmap e requer que você mapeie o direito cmd para a chave "host" do VirtualBox primeiro.
keycode 133 = Mode_switch Meta_L Alt_L Meta_L
keycode 113 = Left NoSymbol Home
keycode 114 = Right NoSymbol End
(você pode executar xmodmap ~/.Xmodmap para aplicar as configurações sem reiniciar).
No Linux, isso funciona em terminais, eclipse, tudo (presumivelmente apenas quando o X está sendo executado).
Se você estiver com problemas para fazer isso funcionar com uma determinada tecla modificadora sem bloqueio, dê uma olhada na saída de xev ao pressioná-lo e tente trocar o código de tecla por 133 acima (embora talvez você precise trocar NoSymbol também, eu não sei.