O Pidgin parece salvar as configurações de everytime em settings.xml
e faz isso da maneira mais fácil e segura: grava / copia tudo em um novo arquivo temporário e renomeia para settings.xml
.
Para parar esse comportamento, você precisaria modificar o libpurple (empacotado com o pidgin). O código relevante provavelmente está em libpurple/util.c
.