xrandr --output VGA1 --rate 60 --mode 1440x900 --fb 5120x1920 --panning 5120x1920
onde --rate xx e modo yyyyXyyy igual a um modo válido para o seu monitor e os switches -fb e panning especificam o tamanho da área de trabalho. Você terá que ajustar esses valores para o seu hardware. Eu não tenho 2 monitores para testar isso, então, no seu caso, acho que você deixaria o switch --pan e ajustaria sua situação de acordo com as informações aqui . Isso resulta em uma área de trabalho do tamanho desejado, no entanto, e eu posso vasculhar isso.
Voltei a minha área de trabalho para o normal (para mim) com xrandr --output VGA1 --rate 60 --mode 1440x900 --fb 1440x900
Testado sob Lubuntu 14.04.4 64 bits