Suspeito de algo ruim sobre tempo de rotação em sua unidade.
Você verificou /var/log/kern.log
?
Você pode usar smartmontools
para verificar a sanidade da unidade (você precisa de acesso root):
sudo smartctl -a /dev/sdX
ou se no console raiz:
smartctl -a /dev/sdX
smartctl -l error /dev/sdX
Ou sua interface gráfica (GUI): gsmartcontrol
.