Se forem apenas alguns diretórios, faça isso manualmente (qualquer outra coisa será mais trabalho na escrita / depuração do que em fazer).
Se for um conjunto grande, use find(1) para criar uma lista dos arquivos afetados e use seu editor favorito para transformar isso em um script que esteja sendo movido. Verifique se há erros e atire.
Se ainda maior / repetitivo, eu faria essencialmente o mesmo que o acima, mas faça o "editar o caminho para o novo nome" por sed(1) on-the-fly. Talvez até mesmo chamado diretamente de find . Faria um bom one-liner para assustar os novatos sem pensar ...