Você pode usar o comando run-shell
para executar comandos shell arbitrários, portanto, isso é certamente possível. Esta resposta tem um ótimo exemplo disso.
Se tudo o que você está procurando é alternar a maximização de uma janela, a partir da versão 1.8 que é um recurso nativo do tmux usando o -Z
flag para resize-pane
(consulte esta resposta no superusuário ).
Ele está ligado ao prefixo do tmux - z por padrão na minha instalação (via Homebrew no OS X).