Quais são exatamente seus "arquivos não utilizados" e por que você deseja excluí-los? Se você ficar sem espaço em / var, "yum clean all" deve se livrar do cache do yum (cresce bastante). Outros arquivos que você pode excluir com segurança são / var / log /. (arquivos de log antigos), e você pode até excluir os arquivos / var / log / em si.
Ao atualizar, o processo eliminará versões antigas do que é instalado automaticamente. Se o espaço é pequeno, você pode querer olhar para o "yum installed" e se livrar de coisas que você não usa (tenha cuidado, "yum info" ou "rpm -qi" informa sobre o pacote; "rpm -q --whatrequires "informa o que está usando o pacote. Reckless" yum erase "apagará o pacote com o que depender dele ...
Veja a documentação do yum e do rpm.
O pacote yum-utils contém limpeza de pacotes, com muitas opções de limpeza, como discutido acima.