Eu tentei o seu script, com a versão mais recente (2.4), não houve problema,
Se você esquecer de encerrar o QProcess antes de fechar a janela principal do seu programa, você geralmente recebe esse aviso, acho que o autor corrigiu esse problema:
QProcess: Destroyed while process is still running.
O texstudio não libera o pesudo tty quando é iniciado, portanto, a exclusão de arquivos só é iniciada depois que o texstudio é encerrado.
E para remover arquivos, eles podem ser salvos em uma linha:
find . -name "fastex-temp.*[^(tex|pdf)]" -exec rm {} \;
EDITAR
Para testar se o comando acima funciona bem, copie e execute o seguinte script:
DIR=$(mktemp -d)
cd ${DIR}
touch fastex-temp.{aa,tex,pdf,bb}
find . -name "fastex-temp.*[^(tex|pdf)]" -exec rm {} \;
Agora execute o comando acima e você verá apenas * .tex e * .pdf sendo deixados aqui.