Na página do manual do mencoder:
crop[=w:h:x:y]
Crops the given part of the image and discards the rest. Useful to remove black bands from widescreen movies.
<w>,<h>
Cropped width and height, defaults to original width and height.
<x>,<y>
Position of the cropped picture, defaults to center.
É um filtro de vídeo (vf), portanto, aplique-o da seguinte forma: mencoder -o out.mp4 -vf crop=320:240:0:10 in.mp4
para recortar uma região de 320x240 do ponto (x, y) = (0,10).
Existe um filtro de nitidez também:
-ssf <mode>
Specifies software scaler parameters.
EXAMPLE:
-vf scale -ssf lgb=3.0
lgb=<0-100>
gaussian blur filter (luma)
cgb=<0-100>
gaussian blur filter (chroma)
ls=<-100-100>
sharpen filter (luma)
cs=<-100-100>
sharpen filter (chroma)
chs=<h>
chroma horizontal shifting
cvs=<v>
chroma vertical shifting
Você pode aplicar o filtro de recorte primeiro ou aplicar o filtro de nitidez primeiro, mas provavelmente é mais rápido recortar primeiro, já que você está jogando dados fora da região de recorte de qualquer maneira.
Você não vai melhorar muito. O VCD usa MPEG-2, que é um codec muito ruim comparado aos padrões modernos.
As barras pretas não são inerentemente culpa do formato VCD. Se sua fonte original tivesse a proporção de 2,35: 1, ela precisaria estar no formato letterbox para caber no formato 16: 9 suportado. No entanto, não é necessário colocar letterbox em uma fonte 16: 9 em 4: 3.