Como na página man smartctl, você pode cancelar o teste não cativo com smartctl -X /dev/sda . De acordo com essa página, seu teste seletivo não é cativo, porque você não usou a opção -C .
Mas observe que todos os testes prejudicam o desempenho. Embora eles sejam executados somente quando o disco está ocioso por algum tempo (suspeito que alguns milissegundos), ele ainda move as cabeças de disco para outra posição, de modo que o disco precisa buscar mais para a atividade de dados reais. No servidor ocupado, posso executar apenas short testes, porque o teste long levaria semanas e o desempenho seria afetado o tempo todo.