Crie uma terceira partição minúscula para armazenar seus dados. Qualquer outro local em seu disco, mais cedo ou mais tarde, trará problemas se você não puder confiar nos arquivos.
Às vezes, os últimos clusters de um disco não podem ser endereçados na entrada FAT, o que pode ser uma opção, mas depende muito do tamanho exato do dispositivo.
A CPU / dispositivo embutido tem EEPROM? Esse seria um lugar ideal para um único byte.