Por padrão, o comando du
mostra apenas arquivos e diretórios não ocultos. Ele não mostra nenhum arquivo oculto que esteja ocupando o restante do espaço, ou seja, ~ 300 MB no seu caso.
Eu tentei a mesma coisa no meu laptop também no meu diretório pessoal:
pradeep@pradeep-laptop:/home$ du -csh *
4.8G pradeep
total de 4,8 G
pradeep@pradeep-laptop:/home/pradeep$ du -csh *
4.6M cscope.out
714M Desktop
2.6G Documents
12M Downloads
4.0K examples.desktop
4.0K gomti
4.0K inot.c
20K java
36K Kernel Makefile
59M Macbuntu-10.10
244K modules
4.0K Music
4.0K NetBeansProjects
4.0K new
712K p4
3.0M Pictures
44K PradeepTranscript.html
16K PROGRESS.doc
4.0K Public
4.0K script
48K shell-script
51M systemtap-1.3
4.0K Templates
4.0K Ubuntu One
12K Videos
total de 3,4 G
Você pode ver a diferença no total no final de ambas as saídas.
Isso ocorre porque os arquivos e pastas ocultos cujos nomes estão começando com ponto (.) estão ocupando o restante do espaço.