Como você está executando seu próprio kernel, você não precisa manter o kernel oficial instalado. Remova ( apt-get remove ou - no Aptitude) os pacotes linux*-generic .
Eu atualizei meu sistema Mint 12 para rodar um kernel construído a partir do repositório git do Linus. Agora, sempre que executo apt-get upgrade , vejo que linux*-generic ainda estão na lista de atualizações (estão sendo "retidas", mas ainda estão presentes).
Como faço para remover estes da lista de pacotes para o APT rastrear?