Você pode usar rename para renomear arquivos com base em um padrão e um dos exemplos da página man está alterando a extensão de um grupo de arquivos. Leva o padrão de origem, o padrão modificado e os arquivos para operar, portanto, no seu caso:
$ rename .x .y *.x
Ele altera a primeira ocorrência de .x para .y , portanto, se você tiver .x em qualquer lugar que não seja o final do nome do arquivo, ele irá alterar o primeiro