Se você tem coisas na instalação do Ubuntu que você deseja acessar no futuro, então eu evitaria a sugestão de Rory Alsop; caso contrário, a maneira mais fácil é sua, se você não se importar em perder tudo o que tem.
Uma coisa legal sobre o Linux é que as configurações, preferências, etc, estão todos em arquivos que podem ser copiados, ao contrário das janelas com seu registro. Então, se você está tecnicamente inclinado (não necessariamente um guru), você pode usar um CD Linux ao vivo, como o CD do Ubuntu, rodar o gparted, e criar uma partição grande o suficiente para qualquer dado que você queira manter. Se você tiver algum dado do Windows que deseja salvar, este seria um bom momento para fazê-lo enquanto estiver usando o live CD.
Em seguida, execute a instalação WUBI e copie os dados, ou o seu diretório home, para a nova partição, certificando-se de obter os arquivos ocultos.
Depois de fazer isso, você pode reformatar a partição do Windows e instalar o Ubuntu lá (tudo a partir do programa de instalação). Depois de obter tudo como quiser, você pode executar o gparted para excluir a partição menor e aumentar a partição principal para o tamanho total.