Na inicialização, o sistema de arquivos raiz é quase sempre montado como somente leitura, para que você possa executar fsck
nele. Assim que estiver pronto, é costume remontar o sistema de arquivos raiz de leitura-gravação usando algo como:
mount / -o remount,rw
Embora, desde que você esteja usando o Ubuntu, compilar um kernel deve ser muito mais simples do que isso. Se você ainda não estiver usando, recomendo usar kernel-package
para compilar o kernel. Basta pegar o pacote e as fontes do kernel, descompactar e dizer algo como
make-kpkg -j3 --initrd binary
Isso criará .deb
pacotes que você pode instalar da maneira usual ( dpkg -i SOME-FILE.deb
)