Você pode usar o mencoder (na sua distribuição, ele deve vir no pacote mplayer
). Se você quisesse extrair 3 minutos começando às 21:50, você faria
mencoder -ss 21:50 -endpos 3:00 your-video.mp4 -o output.mp4 -oac copy -ovc copy
Não é exato: o ponto de partida será ajustado ao início de um quadro. É possível contornar isso, se for um problema (geralmente não é).