Você pode usar o utilitário de backup rsync com a opção --exclude :
/usr/bin/rsync -avz --exclude='$EXCLUDED_DIR_OR_FILE' -e ssh /your/base/folder \
user@host_or_ip:/target/machine/path >> /optional/log/file.log
Você pode determinar a variável $EXCLUDED_DIR_OR_FILE encontrando o último arquivo atualizado. Existem várias maneiras de encontrar o último arquivo atualizado em um determinado diretório, uma delas usando ls e awk utilitários juntos:
ls -lrt | awk '{ f=$NF }; END{ print f }'
Observe que este comando imprime o último file name modificado pela última vez e não o caminho completo para o arquivo.