A resposta simples é atualizar a libatk ou encontrar uma versão mais antiga do MySQL Workbench. Às vezes há pacotes mais novos no repositório backports, mas eu verifiquei backports cármicos no Repositório de Pacotes do Ubuntu e uma nova versão não foi portada. O Ubuntu 10.04+ tem uma versão mais nova do libatk que é compatível com o MySQL Workbench. Você pode tentar instalar no 9.10 ignorando as dependências e espero que funcione de qualquer maneira.
dpkg --ignore-depends=libatk1.0 -i mysql-workbench-gpl-5.2.33b-1ubu1004-i386.deb
A única outra opção é baixar a fonte do 10.04 Maverick e recompilá-lo no Karmic. Obtenha a fonte do link . Você precisará dos arquivos .dsc, .diff.gz e .tar.gz dessa página.
wget 'http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/a/atk1.0/atk1.0_1.32.0-0ubuntu1.dsc'
wget 'http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/a/atk1.0/atk1.0_1.32.0.orig.tar.gz'
wget 'http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/a/atk1.0/atk1.0_1.32.0-0ubuntu1.diff.gz
sudo apt-get install dpkg-dev
dpkg-source -x atk1.0_1.32.0-0ubuntu1.dsc
cd atk1.0-1.32.0
dpkg-buildpackage
Uma vez que a construção é feita, você terá vários arquivos .deb no diretório pai. Você precisará instalar qualquer coisa sobre o que já está instalado.