Extraído do site freedesktop.org :
The actual nuts-and-bolts distro tool (dnf, apt, etc) is used by PackageKit using compiled and scripted helpers. PackageKit isn't meant to replace these tools, instead providing a common set of abstractions that can be used by standard GUI and text mode package managers.
Eu pessoalmente nunca tive problemas explodindo isso (na verdade, eu faço isso em quase todas as instalações limpas do Fedora). No entanto, , a resposta sensata seria usar o sistema com ele desativado por algum tempo e, em seguida, desinstalar completamente quando tiver certeza de que nada quebra.
Link para mais informações sobre o PackageKit: link
EDITAR:
Encontrou isto também no FAQ:
Can users still use their normal package managers and backends, such as Yum, APT or Conary? PackageKit does not stop you using the low level tools, in fact it quits as soon as possible if a native tool is waiting to be run.