De man xdg-mime , há uma opção: xdg-mime default application mimetype(s) para definir aplicativos padrão. Você pode usar
xdg-mime default featherpad.desktop application/javascript
para tornar o featherpad.desktop como editor padrão para abrir arquivos como application/javascript .
Como alternativa, você pode encontrar um arquivo no diretório /usr/share/applications/ , como default.list depende do gerenciador de arquivos, no meu caso é gnome-mimeapps.list (estou tendo gnome DE e nautilus FM). Você pode editar este arquivo para iniciar aplicativos padrão.