Supondo que você esteja usando o material de cliente de FTP integrado do Nautilus, uma opção seria alternar para outra solução de sistema de arquivos FTP, por exemplo, CurlFtpFS , que é baseado no FUSE (e parece ser empacotado para o CentOS), e pode ajudar, já que
automatically reconnect[s] if the server times out
Veja sua página de manual para opções. De qualquer forma, eu acho que sua integração na sua interface gráfica do usuário naturalmente fica atrás O cliente FTP integrado do Nautilus (isto é, se algo falhar, espere mensagens de erro não descritivas do Nautilus).