SIGSTOP pausa o processo e não faz um desligamento normal. Use SIGTERM em vez disso.
Aqui está uma tarefa de inicialização do rascunho para um processo java:
description "my java app"
start on runlevel [2345]
stop on runlevel [!2345]
respawn
exec java -jar myapp.jar <arguments>
que deve funcionar razoavelmente bem.