Devido a falta de pontos, postando uma resposta .. Você definiu alguma regra de janela do KWin? Estou perguntando, pois é altamente provável que você seja um usuário de atalho e tenha que bloquear todos os atalhos globais.
Nesse caso, algo pode estar errado as regras que impedem que o botão minimizar apareça.
Sobre o botão fechar na caixa de diálogo de projetos iniciais: Eu também tenho isso e acredito que seja um bug (recente).