boost_thread não encontrado, illumina bcl2fastq 1.8.3 erro de instalação, casava, illumina casava também apresentando o mesmo erro

Question

Estou tentando instalar o illumina bcl2fastq 1.8.3, no ubuntu 14.04, o cmake é 2.8.4 e o boost é 1.44. Tanto o cmake quanto o boost são empacotados apenas com o bcl2fastq.

Eu recebo o seguinte erro, alguém pode me explicar este erro, eu não consegui entender. Por favor, explique também como configurar o BOOST_LIBRARYDIR para o diretório que contém as bibliotecas do Boost ou o BOOST_ROOT para o local do Boost.

CMake Error at /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/bootstrap/share/cmake-2.8/Modules/FindBoost.cmake:1128 (message):
  Unable to find the requested Boost libraries.

  Boost version: 1.44.0

  Boost include path: /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/opt/bootstrap/include

  The following Boost libraries could not be found:

          boost_thread

  Some (but not all) of the required Boost libraries were found.  You may
  need to install these additional Boost libraries.  Alternatively, set
  BOOST_LIBRARYDIR to the directory containing Boost libraries or BOOST_ROOT
  to the location of Boost.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros.cmake:93 (find_package)
  cmake/cxxConfigure.cmake:87 (casava_find_boost)
  c++/CMakeLists.txt:33 (include)


-- Found LibXml2: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so 
-- using compiler: gcc version 4.9.1
-- Adding the c++    library subdirectory: common
-- Adding the c++    library subdirectory: io
-- Adding the c++    library subdirectory: alignment
-- Adding the c++    library subdirectory: basecalling
-- Adding the c++    library subdirectory: kagu
-- Adding the c++    library subdirectory: demultiplex
-- Adding the c++    program subdirectory: bin
-- Adding the c++    program subdirectory: BaseCalls
-- Adding the c++    program subdirectory: Demultiplex
-- Found Doxygen: /usr/bin/doxygen 
-- Doxygen: /usr/bin/doxygen. Dot: /usr/bin/dot.
-- Creating Doxygen config file: /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/c++/Doxyfile
-- Configuring incomplete, errors occurred!
Couldn't configure the project:

/tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/bootstrap/bin/cmake -H"/tmp/BclToFastq/src" -B"/tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build" -G"Unix Makefiles"  -DCASAVA_PREFIX:PATH= -DCASAVA_EXEC_PREFIX:PATH= -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH= -DCASAVA_BINDIR:PATH= -DCASAVA_LIBDIR:PATH= -DCASAVA_LIBEXECDIR:PATH= -DCASAVA_INCLUDEDIR:PATH= -DCASAVA_DATADIR:PATH= -DCASAVA_DOCDIR:PATH= -DCASAVA_MANDIR:PATH= -DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RelWithDebInfo

Moving CMakeCache.txt to CMakeCache.txt.removed

    

Answer 1

O código-fonte Bcl2Fastq não compila no Ubuntu 14.04. Aqui estão instruções alternativas para executar o binário RPM em 14.04 (fonte) :

sudo alien -i bcl2fastq-1.8.4-Linux-x86_64.rpm
sudo apt-get install build-essential
curl -kL http://install.perlbrew.pl | bash
echo >> ~/.bash_profile "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc"
perlbrew install perl-5.14.4
perlbrew switch perl-5.14.4
perlbrew install-cpanm
cpanm XML/Simple.pm

Nota:

• Executar como usuário não raiz.
• O processo de instalação (compilação) demorou cerca de 10 minutos para o meu ambiente.
• Você também pode usar "aptitude" em vez de "apt-get".
• Para perlbrew, você pode usar "use" em vez de "switch" para configurar apenas para o shell atual. Você pode precisar instalar outros módulos necessários usando o cpanm.