Suponha duas árvores diretory: dir_one e dir_two . Então, assumindo o bash:
Para listar tudo o que está em ambos dir_one e dir_two :
comm -12 <(cd dir_one ; find | sort) <(cd dir_two ; find | sort)
Para listar tudo o que está presente em dir_one , mas não em dir_two :
comm -23 <(cd dir_one ; find | sort) <(cd dir_two ; find | sort)
E, por último, para listar tudo o que é não em dir_one , mas está presente em dir_two :
comm -13 <(cd dir_one ; find | sort) <(cd dir_two ; find | sort)