O arquivo ~ / .thunderbird / profiles.ini provavelmente está errado para a estrutura de diretórios existente. Na máquina B, remova o diretório ~ / .thunderbird ou renomeie-o para ~ / .thunderbird.old ou algo assim. Copie todo o diretório ~ / .thunderbird da máquina A.
Regras, filtros, etc não devem mudar muito e você provavelmente deve usar o imap para armazenamento de mensagens para que as mensagens permaneçam sempre no servidor.