Depois de algum tempo, consegui encontrar uma solução para a pergunta:
Um comentário em uma pergunta sobre stackoverflow sobre acessar um banco de dados MariaDB com PHP através de um navegador estados '' versões mais recentes do MariaDB / MySQL não permitem que você use o usuário root via PHP. '' Ao usar um usuário diferente do root eu realmente pode se conectar ao MySQL banco de dados como pretendido.