Acabei de enfrentar o mesmo problema. Observando /etc/x2go/Xsession
, descobri que o x2go está procurando os recursos X dos usuários em $HOME/.Xresources-x2go
. Então ln -s $HOME/.Xresources $HOME/.Xresources-x2go
fará o truque, se você quiser os mesmos recursos X para suas sessões locais e remotas.