É normal porque o comando exec significa "pare de executar este script e substitua-o (na memória) pelo script do parâmetro de comando".
Se você descomentar a linha exec /etc/X11/xinit/xinitrc , tudo após essa linha nunca será executado.
Eu não sei o conteúdo do seu /etc/X11/xinit/xinitrc , então não posso ser exaustivo, mas, provavelmente, você precisa lê-lo cuidadosamente e copiar em ~/.vnc/xstartup a configuração mínima necessária (em vez de descomentar a linha exec).