Como eu realmente quero fazer inclusões no trabalho do Makefiles, mudei meu include
para obter um valor de uma variável de ambiente, que defini como o caminho absoluto de /home/me/mydir
, ou seja:
CACHE_ROOT?=..
include $(CACHE_ROOT)/makefiles/base.mk
Depois de ler esta excelente resposta Percebi que caminhos absolutos eram a única solução.