A maneira mais fácil que encontrei para gerenciar repos é tê-los em arquivos individuais em /etc/apt/sources.list.d/
. Dessa forma, desabilitar o repo é tão fácil quanto mover o arquivo de /etc/apt/sources.list.d/repo.list
para /etc/apt/sources.list.d/repo.list.bak
e reativar o repo é tão fácil quanto ir para o outro lado. Você pode até mesmo criar um script que desabilita temporariamente um repositório movendo o arquivo, executando update / install / whatever e, em seguida, movendo o arquivo novamente.