Eu tive o mesmo problema, no Debian Stretch, e estou usando o bépo também.
Eu resolvi isso usando o IBUS (mas eu acho que o FCITX e alguns outros podem gerenciar isso também).
Para mim, as chaves mortas funcionavam bem em TTY. Então, eu acho que o problema "apenas" acontece no software de configuração do teclado da GUI (X?).
Para instalar o Ibus: sudo apt-get instale o ibus
O Ibus vem com uma ferramenta de configuração da GUI, e o bépo está disponível. Configurar o Ibus para iniciar automaticamente com a sessão pode ajudar.