Luks deve funcionar, com alguma configuração. Depende se você deseja montá-lo na inicialização ou manualmente. Ecryptfs é o que eu uso diariamente e funciona com todas as pastas, os resultados para a pasta home não são diferentes para outra pasta. Enquanto estiver usando lvm com luks, é possível adicionar discos e expandir o volume necessário para criptografar manualmente o outro disco, abrir o disco e depois formatar usando lvm