Um usuário pode ter este arquivo:
~/.config/menus/lxde-applications.menu
que herda o arquivo:
/etc/xdg/menus/lxde-applications.menu
como base e pode fazer alterações no menu. Remover esse arquivo e usar apenas o padrão restaurou o menu, e todos os meus aplicativos, incluindo aqueles que adicionei manualmente os arquivos .desktop, ficaram inalterados, então estou querendo saber exatamente o que o arquivo .menu no nível do usuário mudou.
Esses dois arquivos diferentes poderiam explicar as discrepâncias entre o que a Menulibre estava exibindo e o que o menu estava realmente exibindo.