Se eu entendi corretamente, você está querendo fazer o versionamento de arquivos. Isso foi discutido em uma pergunta anterior , com a exceção de que você está querendo para trabalhar em um diretório inteiro. É muito fácil de fazer (tirado da resposta do @ Sridhar-Sarnobat):
rsync -ab --suffix='date +'.%F_%H-%M-%S'' ${SRC}/ ${DEST}