Acho que você quis dizer "quando eu verifico ypmatch <user_name> passwd funciona".
Você realmente não publicou detalhes de como sua configuração "segura" está configurada. A truncagem deliberada da saída do ypcat pode ser interpretada como um recurso de segurança útil, difícil de dizer.
Veja ypwhich output, ssh para esse servidor e repita a experiência ypcat , comparando-a com os arquivos indexados locais que estão sendo usados por ypserv . Verifique se há espaço livre em disco adequado. Edite a origem, recrie os arquivos indexados e verifique se o truncamento persiste.