Eu cometi o mesmo erro e procurei uma resposta para essa pergunta também. Eu não encontrei uma maneira de mudar o comportamento básico do rsync da maneira que você descreveu. Eu trabalho em torno dele, criando um arquivo exclusivo na pasta de origem antes de fazer meu dry-run. Se eu vir esse arquivo aparecer no log do rsync marcado para exclusão, sei que algo está errado.
Espero que ajude.