A única maneira que eu conheço seria comentar todo o bloco do VirtualHost para o que você quer parar, e recarregar a configuração do Apache.
Para referência futura, uma maneira melhor de configurar suas configurações seria ter cada bloco do VirtualHost em um arquivo separado em sites-available/
, e link simbólico para eles a partir de sites-enabled/
. Dessa forma, para desabilitar um site, basta remover o link simbólico e recarregar a configuração do apache (sem necessidade de comentários).