Minha experiência é que brew, port e fink têm repositórios diferentes, de modo que é útil (pelo menos para mim) tê-los todos disponíveis.
Você provavelmente também tem outro PM para a Apple Store.
Os outros também armazenam em lugares diferentes:
brew writes to /usr/local
fink writes to /sw
port writes to /opt/local
Então, embora eu não tenha uma resposta sobre como me livrar do MacPorts, minha meta-resposta / conselho é mantê-los todos, a menos que você tenha uma boa razão para não fazê-lo.
Isso está em um sistema como:
OS, ker|rel, machine: Apple/BSD, Darwin 16.7.0, x86_64
Distribution : macOS 10.12.6 (16G29), Sierra
brew - ( local: /usr/local/bin/brew, 2017-06-03 )
Obrigado por fazer a pergunta - lembrei-me de que ainda não tinha instalado o port e o fink em um mac mini.
Felicidades ... felicidades, drl