Use docker run --sysctl your.config.parameter . Tanto quanto eu me lembro, use --sysctl várias vezes para várias opções.
Tenha em mente que existem parâmetros sysctl que não podem ser definidos com o docker, pois são globais.
A configuração de estilo tradicional (gravar em /sys|/proc ) não funciona dentro dos contêineres, exceto pelo fato de você usar algo como ip netns exec ... ou outros métodos para entrar no namespace apropriado.