Acabei de me debater com o mesmo problema e esta é a melhor opção que posso apresentar:
$ (w='xdotool getactivewindow' && xdotool click 1 && xdotool windowactivate $w)
Esta linha salva o ID da janela ativa no momento, emite o comando click no local do cursor do mouse e, em seguida, força o foco a voltar para a janela que estava ativa.
Assim, a janela de destino ganhará foco por uma fração de segundo, mas o foco retornará à janela original.
Isso é sub-ótimo, mas pode ser uma solução aceitável dependendo do que você está fazendo.